Auf der Grundlage der Vereinsstatuten organisiert sich die AEM als Dachverband wie folgt: 

Partnerschaften
Als Dachverband arbeitet die AEM mit allen Personen und Werken zusammen, die sich mit der Vision, dem Zweck und den Werten der AEM identifizieren können. Insbesondere will sie das Miteinander der Christen im Sinn der Evangelischen Allianz SEA fördern. Die AEM der deutschen Schweiz arbeitet mit der westschweizerischen Missionsbewegung und der Schwesterorganisation Connect Missions (ehemals FMEF Fédération de Missions Évangéliques Francophone) zusammen. Die AEM gehört zum europäischen Verband EEMA (European Evangelical Missions Association) und zur Missionskommission der WEA (Weltweite Evangelische Allianz). Eine besondere Zusammenarbeit pflegt die AEM Schweiz mit der AEM Deutschland und zunehmend mit der AEM Österreich.

Struktur
Die AEM wird strategisch durch einen Vorstand geleitet. Der Geschäftsleiter ist verantwortlich für die Umsetzung der Ziele und pflegt die Verbindung mit den Mitgliedern. Finanziert wird die Dienstleistung der AEM durch Mitgliederbeiträge, Entschädigungen und Gaben. Legislative Verantwortung trägt die Mitgliederversammlung.